马芹永教授先后承担国家自然科学基金、教育部博士点基金优先发展领域等课题16项，获安徽省科学技术奖、国家安全生产科技成果奖、中国岩石力学与工程学会和中国煤炭工业学会科学技术奖16项，出版教材5部、专著2部，先后被授予中国科学发展基金会孙越崎青年科技奖、中国岩石力学与工程学会青年科技奖、安徽省先进工作者、安徽青年科技奖等。2017年马芹永劳模创新工作室成立以来，团队成员主持国家和省部级项目等各类项目达82项，发表学术论文 160 余篇，授权国家发明专利 32项。